RITA

Recherche et Expérimentation

01. Qualité sanitaire bovine

Le contexte tropical d’élevage à l’île de la Réunion induit des problématiques sanitaires locales extrêmement fortes. On y trouve notamment des insectes vecteurs de maladies graves qui affectent le cheptel bovin. Deux maladies, les « bavites » et les « hémoparasitoses » font l’objet de recherches en partenariat avec le Cirad visant d’un part à maîtriser les vecteurs et d’autre part à mieux comprendre, prévenir et traiter les maladies.

Les « bavites » sont dues à la circulation des virus de la Fièvre Catarrhale Ovine (Blue Tongue Virus – BTV) et de la Maladie Hémorragique des Cervidés (Epizootic Hemorrhagic Disease Virus – EHDV). Ces virus sont transmis par de petits moucherons hématophages du genre Culicoides. Les épisodes cycliques avec parfois des mortalités importantes chez les bovins et ovins ont été recensés à la Réunion depuis 1979.

Les études en cours visent à déterminer avec certitude quels culicoïdes transmettent les virus, les périodes de fortes abondances de ces vecteurs et leurs spécificités écologiques. En complément, nous avons étudié la circulation du virus chez les bovins pendant un an. La circulation et transmission du virus BTV semble être constante tout au long de l’année alors que le virus EHDH circule au plus fort à la fin de l’été austral.

Journée d’information Techniciens « Méthodes de Lutte Intégrée Contre les Carapates » avec le concours de Dr Thomas Hue de l’Institut Agronomique Néo-Calédonnien.

Les hémoparasitoses

Les hémoparasitoses (HP), plus connus sous les noms de « Piro » et « Anaplasmose » à la Réunion, regroupent un ensemble de maladies sanguines causées par deux parasites (Babesia bigemina, B. bovis) et une bactérie (Anaplasma marginale). Les trois sont transmises d’un bovin malade à un bovin sain par la tique du bétail Rhipicephalus microplus. Anaplasma est aussi transmis par les mouches ou même des instruments souillés de sang.

Les HP ont été identifiées par les filières comme une des causes majeures de mortalité dans le cheptel bovin. Nous menons actuellement deux études sur le cheptel bovin. La 1ère est une étude de « cohorte » : des animaux sains à travers l’île sont prélevés une première fois pour connaître leur statut HP puis suivis dans le temps. L’étude « suspicions » vise à étudier les signes cliniques et biologiques des animaux suspectés malades de HP.

Ces travaux contribueront à différencier les HP de maladies cliniquement similaires afin de proposer des recommandations diagnostiques et de traitement. La connaissance des facteurs de risque d’apparition des HP contribuera à mieux cibler les méthodes de lutte contre les HP et leurs vecteurs. Nous travaillons en parallèle à élargir la boite à outils de lutte contre les vecteurs des HP.

Jeune bovin de boucherie atteint d’anaplasmose, avec une charge en mouches bœuf importante.

Regarder la vidéo « Mieux connaître les « piro » bovines pour mieux les gérer » du RITA Animal ci-dessous.

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02. Mortalité et fertilité bovine

Les facteurs de risque de la mortalité des veaux et de l’infertilité des vaches en élevage naisseur à La Réunion.

La filière bovin viande de La Réunion est confrontée à des taux anormalement élevés de mortalité des veaux de moins de 3 mois et d’infertilité des vaches. La conjonction de ces deux facteurs occasionne des pertes économiques qui peuvent être importantes pour les éleveurs naisseurs allaitants. Dans le cadre du RITA, les professionnels de la filière et les partenaires ont souhaité mener une étude qui a pour but d’identifier des pistes d’amélioration de ces taux et de les communiquer afin d’améliorer les performances globales de la production allaitante sur l’île.

Pour cela, le GDS, la SicaRévia et le Cirad ont travaillé ensemble pour recueillir des données : 70 éleveurs ont été questionnés sur leurs pratiques d’élevage entre juin et septembre 2016 et divers prélèvements (sang, fèces) ont été réalisés sur un échantillon de leurs animaux (des jeunes, des génisses, des vaches).

Les premiers résultats de cette étude amènent aux conseils suivants :

Concernant la mortalité des veaux 

Améliorer les soins aux veaux juste après le vêlage : s’assurer de la prise de colostrum et en distribuer en cas de problème, désinfecter le cordon ombilical, donner des vitamines.

Ces soins peuvent être facilités lorsqu’il y a un rapprochement et isolement de la mère avant vêlage (un suivi de reproduction doit donc être fait pour planifier la date de vêlage) ou juste après vêlage.

Concernant l’infertilité des vaches 

Diminuer le nombre de vaches par taureau pour certains éleveurs afin qu’il ne dépasse pas 30 vaches/taureau (ce qui implique de soit diminuer le nombre de vaches, soit d’augmenter le nombre de taureau, donc de lots).

Augmenter le taux de renouvellement car il est en moyenne trop faible pour assurer une bonne fertilité du troupeau.

03. Plateforme sanitaire

Le GDS Réunion a pour objectif principal de contribuer à la surveillance sanitaire des cheptels locaux. Il met en relation les éleveurs, des vétérinaires et des techniciens spécialisés pour prévenir tous les types de risques sanitaires. Dans ce cadre le GDS souhaite faire évoluer ses outils de veille et d’alerte avec une solution numérique standard et ouverte à destination de tous les acteurs de son activité.

Le GDS Réunion fait évoluer ses outils de veille et d’alerte sanitaire avec une solution numérique ouverte, standardisée et sécurisée à destination de tous les acteurs de son activité : les éleveurs, les vétérinaires, les techniciens sanitaires du GDS, les coopératives, les chercheurs du RITA (Réseaux d’Innovation et de Transfert Agricole), les scientifiques du CIRAD (Organisme français de recherche agronomique et de coopération internationale pour le développement durable des régions tropicales et méditerranéennes).

Dans ce cadre, le GDS propose dès 2018 plateforme évolutive avec  :

  • Une plateforme en mode SaaS / BaaS.
  • Une API REST standardisée : Opendata et données métiers, Dataviz, IoT.
  • Une application mobile
  • Un système d’alerte en mode PUSH (mobile et email).
  • Une standardisation de ses bases de données

04. Salmonelle

À La Réunion, entre 1996 et 2005, 22,2% des intoxications alimentaires ont été provoquées par Salmonella, et plus particulièrement par S. Typhimurium. En 2008, une épidémie de gastroentérites due à S. Weltevreden  a été décrite (D’Ortenzio et al., 2008). Plus récemment, deux chocs septiques dûs à des salmonelles non typhiques ont été observés à La Réunion (Vandroux et al., 2014).

À ce jour, ‘la salmonelle’ continue de représenter un problème majeur pour la santé publique et pour l’économie de l’île, avec une prévalence estimée autour de 24%. C’est pourquoi une stratégie de lutte adaptée contre Salmonella est nécessaire sur l’ensemble de la filière pour réduire la présence de cet agent pathogène dans les œufs et la viande.

Les professionnels ont demandé, au CIRAD et au GDS, une étude pour identifier les principaux facteurs de risque associés à la contamination et à la persistance de Salmonella dans les élevages de poulets de chair de l’île.

Un premier travail a été réalisé dans 46 élevages de poulets de chair, avec un suivi sur 5 étapes du cycle d’élevage, plus un audit sur le contexte de l’exploitation.

Conclusions

Ce travail nous a permis d’identifier des facteurs de risque qui favorisent la contamination et la persistance de Salmonella dans les élevages de volailles.

Nous conseillons aux éleveurs de prêter plus d’attention :

  • au nettoyage des matériels et bâtiments pouvant héberger des agents pathogènes : tuyaux, pipettes, sorties d’air, murs, coins, mangeoires, trémies, bac à eau, abords et silos,
  • à la présence de vecteurs potentiels : rongeurs et ténébrions.

L’analyse des relations entre pratiques de nettoyage et présence de salmonelles nous a permis de révéler une variabilité dans la maîtrise du nettoyage et dans la présence des souches de salmonelles.

Identifications

Il nous a permis d’identifier les points critiques au niveau des bâtiments et des matériels :

Les élevages les plus anciens ont le plus de problèmes de salmonelles, de vecteurs, de vétusté des installations.

les mesures de biosécurité ne sont pas bien respectées (accès, sas, bandes bétonnées, station de désinfection, pente, absence de récupération d’eau de lavage).

Il y a des problèmes de mise en œuvre du nettoyage et de la désinfection. Certaines étapes ne sont pas suivies, les doses ne sont pas bien adaptées.

Les doses de désinfectants et insecticides ne sont pas souvent adaptées.

La propreté des accès bétonnés extérieurs et la désinfection des silos apparaissent comme des facteurs protecteurs contre la persistance de Salmonella dans les élevages.

Les vecteurs constituent potentiellement un foyer majeur d’infection (des ténébrions, mouches et fourmis ont été détectés positifs à la salmonella). Dans les élevages, il y a une présence commune de rats gris et musaraignes.

Nous avons eu confirmation que la présence de ténébrions était un facteur de risque.

Les faunes péri-domestiques, tels que les rongeurs, les musaraignes et les mouches peuvent également faciliter la transmission du germe.

Solutions


Pour diminuer la présence des salmonelles, l’amélioration de la situation actuelle nous semble passer par 2 voies :

La rénovation des bâtiments anciens. Ces bâtiments vétustes ne sont pas adaptés aux conditions actuelles de nettoyage et de désinfection.

Le conseil et la formation des éleveurs et, en particulier, leur sensibilisation aux procédures de biosécurité. Celle-ci constitue une priorité qui doit être envisagée par groupe, de manière à être adaptée à la problématique de chacun. Les formations en petits groupes d’éleveurs nous semblent une bonne solution pour essayer d’accroître leur maîtrise technique.

Protocole ténébrions en coopération avec l’ITAVI, ANSES

Mieux comprendre les causes des pullulations de petits ténébrions en élevage de volailles de chair, pour réduire l’utilisation des insecticides de synthèse (Ténéblimit)

2018

En prenant en compte les résultats de l’étude sur la persistance, nous allons réaliser en 2018 un protocole dans 10 élevages ‘récidivistes’ d’AVIPOLE. Il s’agit de comparer les résultats de l’étape nettoyage et désinfection réalisée par l’éleveur, selon son protocole habituel, avec celui opéré par le GDS, selon un protocole standardisé et des doses de détergents et désinfectants recommandées.

Nous allons faire, à nouveau, un audit d’exploitation sur la biosécurité et le nettoyage -désinfection des élevages étudiés.

05. Qualité de l’eau

La potabilité de l’eau à la Réunion est très variable selon la région. 47% des abonnés au réseau d’eau potable ont une eau de mauvaise qualité ou dont la qualité sanitaire n’est pas suffisante car il n’y a pas de traitement de clarification de l’eau.

Pour les besoins de l’élevage, les éleveurs peuvent utiliser l’eau des réseaux d’eau potable et d’irrigation, des retenues collinaires ou ravines.

Au niveau des élevages, l’eau peut se dégrader à cause de la température, des traitements nutritionnels ou d’une mauvaise désinfection avant la mise en place.

Avec la dégradation de la qualité de l’eau, il y a formation d’un biofilm, qui est une association de micro-organismes pathogènes (bactéries, champignons, algues) adhérant à une surface lorsque les conditions environnementales le permettent.

Ce biofilm participe à leur multiplication et à la formation d’une masse de composition chimique et biologique hétérogène. Les bactéries peuvent alors se fixer à la surface des tuyauteries de manière temporaire (adsorption réversible) ou définitive (adsorption irréversible), en formant des structures permettant une adhésion permanente à la surface.

Les incidences économiques et sanitaires sont nombreuses et peuvent être catastrophiques pour les élevages.

Pour pouvoir améliorer le conseil en élevage et proposer des outils adaptés à la Réunion, le GDS (RITA) travaille depuis 2017 avec les différentes coopératives (AVIPOLE, CPPR et OVICAP) sur la qualité de l’eau afin de connaître la qualité microbiologique de l’eau distribuée dans les élevages, à savoir :

  • Protocole de Test d’un acidifiant de l’eau : SELKO pH.
  • Protocole de Test d’un système de nettoyage du biofilm avec le système A.P.I.R.E dans les élevages de volaille (AVIPOLE).
  • Protocole de Test d’un système de nettoyage du biofilm avec le système A.P.I.R.E dans les élevages porcins (CPPR).
  • Étude de la Qualité de l’eau consommée par les petits ruminants.